Zotero’ya PDF’leri okuma ve işleme yeteneği kazandırmak

PDF dosyalarının Zotero tarafından okunabilmesi, işlenebilmesi, içeriğinin Zotero arama kutusundan aranabilir hale getirilebilmesi, arşive bir PDF belgesi eklendiğinde bu belgenin yazarı, başlığı gibi bilgilerin tanınarak veritabanına işlenebilmesi için gerekli olan iki araç var, pdftotext ve pdfinfo.

Zotero’nun “Edit/Preferences” menüsünden “Search/Arama” sekmesine geçerseniz burada “PDF indexing”  başlığı altında bu iki aracın yüklü olup olmadığını görebilir, yükle değiller ise yine aynı pencereden yüklemeyi deneyebilirsiniz.

GNU/Linux kullanıyorsanız bu araçları bu pencereden yüklemeniz bazı durumlarda belki mümkün olmayabilir. Ben bu yazıda bu araçları debian sistemimde Zotero’ya nasıl yükleyip tanıttığımı kısaca anlatmak istiyorum. 1

Bu iki araç debian’da “poppler-utils” paketi bünyesindeler ve bu paket sisteme kurulu ise bu araçlar da başka işleme gerek olmaksızın kullanılabilir durumda oluyorlar. Yani terminalde “pdftotext” yazarsanız cevap alırsınız. Bu paket sisteme kurulu değil ise

sudo apt-get install poppler-utils

komutu ile kurulabilir.

Ayarları yapmak için önce Zotero Veri Dizini’ne gitmeliyiz. Bilmiyor isek  “Zotero Preferences – Advanced – Files and Folders – Data Directory Location” ekranından bu dizinin yolunu öğrenebiliriz. Öğrendiysek bu dizinde bir terminal penceresi açalım.

which pdftotex

komutunu vererek pdftotext çalıştırılabilir dosyasının sistemimizde nerede olduğunu öğrenelim. Öğrendik ki bu dosya “/usr/bin/pdftotext” yolunda yer alıyormuş.

Firefox’da F12’ye basalım ve aşağıda açılan konsola

navigator.platform.replace(' ', '-')

yazalım. Böylece sistemimizin mimarisinin Firefox bünyesinde nasıl adlandırıldığını öğrenelim. Benimki “Linux-x86_64” çıktı.

Şimdi yine terminale dönüyoruz ve aşağıdaki komutu veriyoruz (sizin mimariniz farklı ise burada ona göre komutu değiştiriyorsunuz):

sudo ln -s /usr/bin/pdftotext pdftotext-Linux-x86_64

Böylece Zotero Veri Dizininde pdftotext için bir sembolik link yarattık. Çalıştırılabilir dosyamızın yeri değişmedi ve Zotero Veri Dizininden bu dosyaya bir kısayol oluşturduk.

Aynı işlemleri pdfinfo için de yapıyoruz. “which pdftotext” ve sonra “sudo ln -s /usr/bin/pdfinfo pdfinfo-Linux-x86_64

Şimdi bu iki dosya için de birer versiyon dosyası oluşturmalıyız. Aynı dizinde pdfinfo-Linux-x86_64.version ve pdftotext-Linux-x86_64.version dosyalarını yaratalım. Bu dosyaların içinde sadece versiyon numarası yazmalı. Versiyonu nereden öğreneceksiniz? Terminalde her iki komutu da kullanın, ilk satırda yazar versiyon numarası:

$ pdftotext
pdftotext version 0.48.0
Copyright 2005-2016 The Poppler Developers - http://poppler.freedesktop.org
Copyright 1996-2011 Glyph & Cog, LLC

Dosyada sadece “0.48.0” yazmalı, tırnaklar yok.

Bu işlem de tamam ise son adım olarak şuradaki betiği aynı dizine pdfinfo.sh adıyla kaydetmeli ve “chmod +x pdfinfo.sh” komutuyla bu betiği çalıştırılabilir hale getirmeliyiz. İhtiyaten sağlamasını yapmak istersiniz diye, betiğin içeriği yazının yazıldığı tarih itibariyle şöyle:

#!/bin/sh
if [ -z "$1" ] || [ -z "$2" ] || [ -z "$3" ]; then
echo "Usage: $0 cmd source output.txt"
exit 1
fi
"$1" "$2" > "$3"

Bu işlem de tamam ise Zoreto’yu yeniden başlatalım. Aşağıdaki çıktıyı ilgili pencerede gördüysek sonuç başarılıdır:

İyi günlerde kullanınız.

Dipnotlar:

  1. Bu yazıda şu adresteki resmi kılavuzdan yararlanılmıştır.

Linux’a Zotero kurulumu

debian (veya Ubuntu veya Linux Mint gibi debian tabanlı başka bir Linux dağıtımı) kullanıyorsanız, zotero.org üzerinden Zotero Standalone veya Zotero Connector yazılım ve eklentilerini bilgisayarınıza kurmadan önce sisteminize özel Zotero paketlerinin bulunup bulunmadığına bakmanızda, bunun için Synaptic veya muadili paket yöneticinize göz atmanızda yarar var.

debian 9’da sadece “main” repository etkinken Synaptic’te “zotero” araması şu sonucu veriyor:

Gördüğünüz gibi debian için özel olarak hazırlanmış Zotero paketleri mevcut. Bunları kullanmak daha güvenli ve pratik…

Zotero Firefox eklentisi artık güncellenmiyor. Bu sebeple burada sadece zotero-standalone ve libreoffice-zotero-integration paketlerine ihtiyacımız var. xul-ext-lyz paketi Lyx kullanıcıları için.

Önce Synaptic üzerinden zotero-standalone‘u kuruyorsunuz, sonra Zotero Connector’u zotero.org üzerinden kuruyorsunuz ve kullanmaya başlıyorsunuz. Zotero Standalone varken xul-ext-zotero paketine ihtiyacınız yok.

Hatırlatmak gerekirse; Zotero Connector kullanıyorsanız Firefox üzerinde hiçbir Zotero ayarı yapmıyorsunuz, tüm ayarlar Zotero Standalone içinden yapılıyor. Veri dizini ayarları başta olmak üzere…

İpucu: Firefox ile web’den bir sayfayı kaydetmek istediğinizde sadece araç çubuğundaki düğme ile sınırlı değilsiniz. Sayfaya sağ tıklayarak açılan popup menüden sayfayı nasıl kaydetmek istediğinizi seçebilirsiniz:

Zotero 5.0 yayımlandı ve bağımsız Firefox eklentisi ömrünü tamamladı

Zotero’ya 13.07.2017 günü gelen 5.0 güncellemesi ile uzun yıllardır kullanımda olan ve tek başına bağımsız olarak çalışabilen Firefox için Zotero eklentisinin ömrünü tamamladığı duyuruldu.

Bundan sonra sadece Zotero Standalone + Zotero Connector ile kullanım mümkün olacak. Connector eklentisi, Firefox, Chrome, Opera ve Safari için kullanıma hazır.

Benim için sürpriz olan bu haberle ilgili blog yazısı şurada… Özetle, bu kararın Firefox eklenti altyapısında gerçekleşen köklü değişimden (Chrome’a yönelimden) kaynaklandığı ve zorunlu olduğu belirtilmekte, Zotero’nun bundan sonra tek program üzerinden daha verimli ve etkin geliştirilebileceği ümidi vurgulanmakta…

Çok uzun zamandır Zotero’yu müstakil Firefox eklentisi ile kullanıyorum. Bu benim için de bir değişim anlamına geliyor.

Zotero’nun hayatı kolaylaştıran arama ve tarama işlevleri

Akademik çalışmalarımda ve avukatlık hayatımda işlerimi kolaylaştıran, ilgimi çeken konularda araştırma ve arşivleme yaparken bana yardımcı olan ücretsiz bir yazılım/hizmetten bahsedeyim size. İsmi Zotero. Çok okuyorsanız, not almayı, arşiv yapmayı seviyor ve son teknolojiyi kullanmayı tercih ediyorsanız ilginizi çekebilir.

Zotero bir atıf yönetim programı aslında. Ben onu hem bu amaçla, hem de arşivleme amacıyla kullanıyorum. Yargı kararlarını, mevzuatı, makaleleri, kitapları, web sayfalarını ve daha birçok şeyi Zotero kütüphanemde etiketliyor, tasnif ediyor, arşivliyor ve ihtiyaç duyduğumda bunlara kolayca atıf yapıyorum. Bu elektronik kütüphane bilgisayarımda saklı. İnternet bağlantım olmasa da her zaman erişimime açık. Zotero, bu kütüphanede birkaç tuşa basarak tüm arşivimi tarayabilmemi sağlıyor ve 1 saniyeden kısa bir sürede sonuçları önüme seriyor.

Özellikle web sayfalarını arşivlemek için kullanışlı oluyor. Böylece web sayfalarının ileride değişmesi veya erişimden kalkması tehlikesine karşı bunların yerel kopyalarına sahip oluyorum.

PDF dosyalarını da bünyesinde tutuyorum, böylece hangi PDF’nin hangi konuya ilişkin olduğunu kolayca bulabiliyorum. Zotero olmasaydı PDF dosyalarını sakladığım klasörde neyin nerede olduğunu bulamadığım bir karmaşa hüküm sürerdi.

Zotero’nun temel işi aslında atıfları yönetmek (reference management)… Onu kullanarak, akademik çalışmalarınızda  kolayca atıf yapabilir ve atıfları yönetebilirsiniz.  Microsoft Word, LibreOffice ve sair programlar için bulunabilen yardımcı araçları ile bu iş oldukça pratik. Dahası, atıflardaki değişiklikleri Zotero otomatik olarak günceller, onları kendiliğinden sıraya koyar ve tezinize uygun şekilde ifade eder, biçimlendirir. Bir esere bir önceki dipnotta atıf yapılmış ise yeni atıf “a.g.e.” şeklinde yapılır örneğin. Ya da bir atfı sonradan günceller veya değiştirirseniz ilgili belgelerdeki tüm atıflar da kendiliğinden güncellenecektir.

Zotero’nun birçok kullanışlı özelliği var. Güçlü arama ve tarama işlevleri çok önemli. Biraz bu konudan söz ederek bu yazıyı noktalayayım.

Anında arama, anında tarama…

Zotero, arama ve tarama işlevleriyle, anlık görüntüsünü aldığınız (snapshot) web sayfalarının ve PDF dosyalarının içeriği de dahil olmak üzere kütüphanenizdeki bütün içeriği önceden fihriste (index) alıyor ve arama/tarama yaptığınızda sonuçları anında önünüze getiriyor.

Örneğin aşağıdaki görüntüde, “organik” kelimesi ile yapılan arama sonucunda, kütüphanemde yer alan ve bu sözcüğü içeren bütün web sayfaları ve PDF dosyaları anında listelenmiştir.

Bunun için Zotero araç çubuğunun en sağında bulunan arama kutusundaki oka tıklayarak “Everything” seçeneğini seçtikten sonra arama terimini yazıp “enter” tuşlamanız yeterli. Fihriste alma (indexing) işlemi önceden yapıldığından sonuçlar anında karşınıza gelecektir.

Not da alabilirsiniz…

Zotero’nun bu tarama ve arama işlevleri arşivlemeyi kolaylaştırdığı gibi, zengin metin biçiminde (RTF) not almayı da destekliyor. Kütüphanenizdeki her bir esere not ekleyebileceğiniz gibi bağımsız notlar da yaratabilirsiniz.

Tek başına yeterli olabilir…

Bu özellikleriyle bilgisayar ile çalışırken Evernote, Scrapbook, Onenote, Pocket gibi başka bir arşivleme-not alma yazılım veya hizmetine de ihtiyaç bırakmıyor aslında biliyor musunuz? Dahası onlarda bulunmayan referans verme (atıf yapma, başvuru yapma, cite) özelliklerine de sahip olmasıyla akademik çalışmalarda yan işlerin yükünü hafifleten bir yardımcı.

Yukarıda saydığım bazı diğer not alma araçlarına göre bir zayıf yönü belki şu olabilir: Anlık görüntüsü alınan web sayfaları üzerinde değişiklik yapamıyorsunuz. Örneğin bir web sayfasında bir cümlenin üzerini sarı ile vurgulayamazsınız. Bunun yerine bu esere ek notlar alarak bu eksikliği giderebilirsiniz. PDF dosyalarında bu sorun yok, çünkü PDF’leri harici yazılımla açıp değişiklik yaptığınızda bunlar korunuyor.

Daima hazır…

Zotero veri dizini yerel olarak saklandığı için tüm arşiviniz her zaman yanınızda ve çevrimdışı erişiminize açık olacaktır. İnternet bağlantısına veya üçüncü kişilerin-şirketlerin hizmetlerinin sürmesine bağlı olmayacaksınız. Gizlilik ve güvenlik konusunda da içiniz daha rahat olabilir. Sadece, bu dizinin düzenli olarak yedeğini almayı ihmal etmeyin. Bu dizinin yolunu “Zotero Preferences” – “Advanced” – “Files and Directories” ekranında görebilir ve değiştirebilirsiniz.

Arama işlevi ile ilgili karşılaşabileceğiniz bazı sorunlara çözümler:

  • Eğer bazı sonuçların listelenmediğini düşünüyorsanız “Zotero Preferences” – “Search” – “Rebuild Index” yoluyla indeksi yeniden oluşturun veya eksik kısımları tamamlamasını sağlayın.
  • PDF dosyalarının içeriği taramaya dahil edilmiyor gibi görünüyor ise “Zotero Preferences” – “Search” ekranında “PDF index” araçlarını yükleyin. Ancak bu araçların yüklü olması, PDF içeriklerinin taranabilmesini tek başına sağlayamaz. Aynı zamanda kütüphanenizdeki PDF’lerin “aranabilir PDF” (searchable pdf) niteliğinde olması gerekir.
  • Aranabilir olmayan bir PDF’yi aranabilir bir PDF’ye çevirmek için bir OCR yazılımı kullanmanız gerekir. Ben Abbyy FineReader programının Türkçe PDF’lerde bu işi başarıyla yaptığını tecrübe ettim.

Zotero ile ilgili düşüncelerinizi sayfanın altına bir yorum yazarak paylaşabilirsiniz.


Not: Bu yazı yazılırken özgür olmayan hiçbir yazılım kullanılmamıştır. İşletim sistemi: debian, tarayıcı: Firefox.

Zotero notlarında yazım denetimi

Firefox için Zotero eklentisindeki notlarınızda yazım denetimi yapmanız için fazladan bir ayar yapmanıza 2.0.9 sürümünden beri gerek bulunmuyor. Firefox için genel yazım denetim dili ne ise Zotero notlarında da o dilde otomatik olarak yazım denetimi yapılıyor.

Farklı dillerde not tutuyorsanız not içerisinde yazım denetim lisanını değiştirmeniz mümkün değil fakat tarayıcı içerisindeki herhangi bir HTML yazı kutusunda yapacağınız dil seçimi, notlar üzerindeki dil denetim dilinin de ayarlanmasını sağlıyor.

Notlarda Türkçe yazım denetimi yapabilmek için şurada bahsetmiş olduğum Firefox’ta Türkçe Yazım denetimi eklentisini kurmanız yeterli olacak.